فصل6: لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده پس از 2 سال بررسی در کمیسیون اقتصادی مجلس اردیبهشت‌ماه راهی صحن علنی مجلس شد و تاکنون نمایندگان بیش از 20 ماده از لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده را تصویب کرده‌اند.
در جریان بررسی این لایحه ابتدا فصل سوم آن که شامل مواد 9، 10، 11 و 12 می‌شد به کمیسیون اقتصادی مجلس ارجاع داده شد. روز سه شنبه (16 مهر) هم نمایندگان مواد 23، 25 و 26 لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده را برای بررسی بیشتر به کمیسیون اقتصادی ارجاع دادند.
همچنین ماده 24 این لایحه را نیز حذف کردند. در این ماده آمده بود: «به سازمان امور مالیاتی اجازه داده می‌شود تا 2 درصد مجوزهای استخدامی خود را بر اساس آیین‌نامه‌ای که به پیشنهاد وزارت امور اقتصاد و سازمان اداری استخدامی کشور به تصویب هیات وزیران می‌رسد از بین نخبگان مورد تایید بنیاد نخبگان بدون برگزاری آزمون، به استخدام درآورد. مقررات مذکور در آیین‌نامه موضوع این ماده و نام و سوابق علمی و اجرایی افرادی که به استناد آیین‌نامه مذکور به استخدام سازمان امور مالیاتی درمی‌آیند باید به صورت عمومی اعلام شود.»
اما پس از آن نمایندگان مجلس شورای اسلامی مواد باقی‌مانده لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده را نیز برای بررسی بیشتر به کمیسیون اقتصادی ارجاع دادند.
علی لاریجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی، در جریان بررسی ماده 27 لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده گفت: «الیاس حضرتی، رئیس کمیسیون اقتصادی، نامه‌ای به هیات‌رئیسه درباره لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده نوشته است مبنی بر اینکه تاکنون برخی از مواد لایحه به کمیسیون ارجاع داده شده است. موضوع ایراد شورای نگهبان به لایحه نحوه استفاده و نگهداری و نظارت بر پایانه فروشگاهی نیز در دستور کار است، لذا این لایحه مجدداً به کمیسیون اقتصادی ارجاع داده شود تا مورد بررسی بیشتر قرار گیرد.»
او توضیح داد: «با توجه به این نامه کمیسیون اقتصادی و تاکید بر رفع اشکالات، از نمایندگان می‌خواهم که رأی خود درباره ارجاع مواد باقی‌مانده لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده به کمیسیون را اعلام کنند.»
در نهایت با موافقت 176 نماینده از مجموع 223 نماینده حاضر در مجلس، 26 ماده باقی‌مانده لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده هم به کمیسیون اقتصادی ارجاع داده شد.
الیاس حضرتی، نماینده تهران ضمن اشاره به اهمیت لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده در شرایط کنونی کشور گفته است: «اگر اقتصاد را بدون نفت در نظر بگیریم، سازمان امور مالیاتی جایگزین وزارت نفت می‌شود. در نظر داریم در بودجه سال 99، 200 هزار میلیارد تومان برای سازمان امور مالیاتی ماموریت تعیین کنیم. سازمان امور مالیاتی برای انجام تکالیفی که بر عهده دارد و دریافت مالیات بر ارزش‌افزوده باید تلاش سازمان‌یافته و برنامه‌ریزی‌شده‌ای داشته باشد.»
رئیس کمیسیون اقتصادی مجلس با اشاره به ارجاع لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده به کمیسیون اقتصادی، گفته است: «مواد ارجاع داده‌شده به کمیسیون را بررسی خواهیم کرد، اما باید با نمایندگان مفصل صحبت کنیم و ماموریت جدید سازمان امور مالیاتی و فضای جدید را دوستان درک کنند.»
یکی از انتقاداتی که برخی از اعضای شورای شهر و معاونین شهرداری در خصوص این لایحه مطرح می کنند، تفکیک عوارض از مالیات و عدم شمول بخشودگی مالیاتی بر عوارض،است. مخالفان این بند از لایحه مالیات بر ارزش افزوده معتقدند که باید اصلاحاتی در این بخش انجام شود اما رحیم زارع عضو کمیسیون اقتصادی مجلس معتقد است که تمامی مباحث در حوزه مالیات بر ارزش افزوده با حضور مسئولان،کارشناسان دولتی،وزارتخانه‌های مختلف، نمایندگان بخش خصوصی و تمام افراد صاحب نظر در این زمینه مورد بحث و بررسی قرار گرفت.