نام سعید مرتضوی به عنوان یکی از شناخته شده ترین چهره های قضائی کشور، چندسالی است که بر زیان ها افتاده است. تا سال 87 کمتر کسی مرتضوی را می شناخت و پس از انتقال او به تهران و ریاست دادگاه مطبوعات، به یکباره نام مرتضوی بر زبان ها افتاد. در دوره ریاست مرتضوی بر دادگاه مطبوعات، بیش از 120 روزنامه و نشریه توقیف شدند که به نوبه خود یک رکورد به حساب می آید.
مرتضوی سال 82 دادستان تهران شد. در دوره داستانی تهران،قضیه مرگ زهرا کاظمی خبرنگار کانادایی ایرانی‌الاصل که در مسافرت به ایران به جرم عکسبرداری حین تجمع برخی از خانواده‌های زندانیان در مقابل زندان اوین، بازداشت شده بود، دوباره اسم مرتضوی را بر زبان ها انداخت. نوع رسیدگی به این پرونده و اختلاف نظرهای بین وزارت اطلاعات و دادستانی، در آن دوره یک جنجال رسانه ای ایجاد کرد.
در پرونده فروش سوالات کنکور، باز هم پای مرتضوی به ماجرا کشیده شد. درگزارش هیات تحقیق و تفحص مجلس هفتم از قوه‌قضاییه در سال ۱۳۸۷ هم باز پای او به میان کشیده شد. خبرگزاری فارس متن بیانیه اعضای هیات تحقیق و تفحص مجلس از قوه قضاییه را منتشر کرده بود که در آن اقدامات سعید مرتضوی دادستان وقت تهران در پرونده فروش سوالات کنکور انتحار قضایی توصیف شده بود.
زاکانی نماینده تهران و یکی از اعضای این هیات، مرتضوی را متهم کرد که با از بین‌بردن آثار جرم و مفقودکردن پرونده‌های فروش سوالات کنکور از سراسر کشور موجب کورکردن سرنخ‌های مربوط به پرونده فروش سوالات کنکور شده است.۲۰۸ نماینده مجلس هفتم نیز در نامه‌ای به محمود هاشمی‌شاهرودی، رییس قوه‌قضاییه، خواستار تشکیل دادگاهی صالح، بی‌طرف و علنی برای رسیدگی به اتهامات سعید مرتضوی، دادستان تهران شدند.
تا سال 88 مرتضوی هیچگاه محاکمه نشد. اما برخی اقدامات موتضوی در جریان درگیری های سال 88 باعث شد تا وی به متهم اصلی بعضی برخوردها تبدیل شود.
مرداد 89 اعلام شد که حکم تعلیق سه‌مقام قضایی مرتبط با تخلفات سال88 و مرگ سه‌متهم بازداشتگاه کهریزک صادر و به آنان ابلاغ شده است. سعید مرتضوی یکی از این قضات بود. سازمان قضایی نیروهای مسلح پیش‌تر در گزارش خود از آمریت و مشارکت در گزارش خلاف واقع در خصوص علت و نحوه درگذشت سه‌نفر متهم بازداشتی خبر داده بود.
منظور از گزارش خلاف واقع، گزارشی بود که علت مرگ این سه‌نفر را بیماری مننژیت اعلام کرده بود. در گزارش کمیته ویژه مجلس برای پیگیری حوادث بعد از انتخابات آمده بود: در جلسه وقت کمیته با دادستان وقت انقلاب تهران یعنی سعید مرتضوی روز ششم مردادماه، او علت مرگ سه‌نفر را بر اساس بررسی‌های انجام‌شده از سوی پزشکی‌قانونی مننژیت اعلام کرده و بازداشتگاه کهریزک را مناسب و استاندارد دانسته و فقدان ظرفیت اوین را اصلی‌ترین علت انتقال بازداشت‌شدگان به کهریزک دانست. مجلس اما در ادامه گزارش خود نوشته بود که مسوولان اوین در جلسه‌ای اذعان کردند انتقال بازداشت‌شدگان به بهانه فقدان جا و ظرفیت زندان اوین مطلب صحیحی نیست.
گزارش مجلس نشان می‌داد که زندانیان بازداشت‌شده برخلاف ادعای مرتضوی از مساحت کم، عدم وجود تهویه، فقدان آب و غذای مناسب و شنیدن فحش‌های رکیک و کلاغ‌پررفتن و ضرب‌وشتم و همجواری با اراذل‌واوباش و تحقیرشدن شکایت داشته‌اند. همین‌طور در این گزارش به نامه‌ای اشاره شده بود که فرماندهی ناجا تهران بزرگ اسفند87 به دادستان وقت تهران نوشته است و در آن با اشاره به اینکه دادسراها بی‌رویه هر نوع متهمی را به کهریزک اعزام می‌کنند، از دادستان خواسته بود ابلاغ کند که مانند قبل فقط متهمان اراذل و اوباش و مجرمان خطرناک را اعزام کند. در نهایت دونماینده مجلس یعنی زهره الهیان و علیرضا زاکانی همان زمان گفتند که مرتضوی از دستور رهبری تمرد کرده است.
اسفند90 یعنی یکسال قبل از آغاز دادگاه کهریزک اعلام شد سعید مرتضوی بعد از ریاست ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز حالا به ریاست صندوق تامین‌اجتماعی منصوب شده است. مجلس اما به این اقدام دولت اعتراض کرد و وقتی دولت را در حمایت از مرتضوی مصر دید، درصدد استیضاح وزیر کار، رفاه و تامین‌اجتماعی، فردی که حکم مرتضوی را زده بود؛ برآمد. در طرح استیضاح آمده بود: این انتصاب برخلاف مصالح کشور است. او در سمت قبلی خود یعنی دادستان تهران متهم است و از حالت قضایی معلق شده و پرونده‌اش مفتوح است و در گزارش تحقیق و تفحص مجلس از این فاجعه، مقصر شناخته شده است.
کار به رایزنی کشید و احمد توکلی و حدادعادل از مرتضوی قول شرف گرفتند که از صندلی ریاست کنار رود تا مجلس هم استیضاح را از دستور کار خارج کند؛ قولی که عملی نشد و عملا مجلس از دولت رودست خورد. اینجا بود که مجلس به دیوان عدالت اداری شکایت برد و دیوان هم رای به برکناری مرتضوی داد. دولت اما گفت که دیوان صلاحیت صدور چنین حکمی ندارد. بعد هم با تغییری در اساسنامه، صندوق تامین‌اجتماعی را اصلاح و آن را به سازمان تغییر داد و وظیفه انتصابات در سازمان تامین‌اجتماعی را از وزیر گرفت و به معاون اول خود یعنی «رحیمی» تفویض کرد، او هم در حکمی مرتضوی را سرپرست سازمان کرد.
کار که به اینجا رسید مجلسیان عهد کردند تا از استیضاح وزیر کار کوتاه نیایند؛ استیضاحی که باز سعید مرتضوی را خبرساز کرد. پخش فیلمی از یکی از جلسات مرتضوی در مجلس توسط احمدی‌نژاد جنجال به پا کرد.
به دنبال این رخداد سعید مرتضوی کمتر از 24ساعت در اوین بازداشت و بازپرسی شد اما ظهر روز بعد در تامین‌اجتماعی سر کار خود حاضر بود. ورق مرتضوی با پایان‌یافتن دولت دهم کاملا برگشته بود. او حالا درگیر دو پرونده بزرگ در دادگاه بود. شکایت شکات کهریزک همچنان ادامه داشت و جلسات بازپرسی برگزار می‌شد. شکایت وکیل سازمان تامین اجتماعی نیز به اتهام تحصیل مال نامشروع، مرتضوی را درگیر موضوع جدیدی کرده که به دوران ریاست وی در تامین اجتماعی باز می گردد.
در دادگاه چه گذشت؟
اولین پرونده که منجر به محکومیت وی شد به اتهام مشارکت در بازداشت غیرقانونی، معاونت در تنظیم گزارش غیرواقع و معاونت در قتل بود که در شعبه 76 دادگاه کیفری استان تهران به ریاست قاضی سیامک مدیر خراسانی برگزار شد و در این دادگاه وی بابت اتهام مشارکت در بازداشت غیرقانونی به انفصال دائم از خدمات قضائی محکوم شد و همچنین بابت اتهام گزارش خلاف واقع نیز مبلغ 2 میلیون ریال توسط سیامک مدیر خراسانی جریمه برای وی صادر شد. مرتضوی در خصوص اتهام معاونت در قتل نیز نتیجتا تبرئه شد.
این پرونده به دیوان عالی کشور ارجاع شد و در شعبه 38 دیوان، وی از حیث مشارکت در بازداشت غیرقانونی به انفصال موقت از خدمات قضائی محکوم شد. همچنین در خصوص گزارش خلاف واقع و معاونت در قتل تبرئه شد.
پرونده سازمان تامین اجتماعی
شعبه 79 دادگاه کیفری استان تهران سابق و شعبه 9 دادگاه کیفری یک فعلی به ریاست قاضی محمدرضا محمدی کشکولی در تاریخ 24/ 5/94 از بابت شکایت سازمان تامین اجتماعی به اتهام تحصیل مال نامشروع، مرتضوی را به تحمل یکسال حبس تعزیری و جریمه نقدی 46 میلیون تومانی در حق سازمان تامین اجتماعی محکوم شد. مطابق این حکم برای اولین بار حکم حبس برای مرتضوی صادر شد و در واقع مرتضوی بالاترین مقام قضائی کشور بعد از انقلاب بود که به زندان می رفت.
پس از اعتراض، پرونده در تاریخ 17/12/94 به شعبه 38 دیوان عالی کشور رفت و با توجه به حاکمیت قانون جدید آیین دادرسی مصوب سال 92 که در این دوره اجرایی شده بود، رسیدگی به اعتراض در صلاحیت دادگاه تجدید نظر استان تشخیص داده شد و پرونده به شعبه 9 دادگاه کیفری یک استان تهران برگشت خورد و از طریق شعبه 9 در تاریخ 5/9/96 به دادگاه تجدید نظر استان تهران ارسال شد. برابر مصاحبه ها و گزارش رسانه ها، شعبه 22 دادگاه تجدید نظر استان پس از رسیدگی به این پرونده، مرتضوی را به 2 سال حبس محکوم کرد.
پرونده نهایتا به شعبه نهم دادگاه یک کیفری برگشت و در تاریخ 5/12/96 به دستور قاضی محمدرضا محمدی کشکولی رئیس این شعبه، دستور اجرای حکم حبس صادره در تاریخ 9/12/96 به دایره اجرای احکام ارسال تا این حکم به مرحله اجرا درآید.