مرکز پژوهش‌های مجلس اصلی‌ترین اشکالات منطقه آزاد جدید سیستان را « مساحت 28 هزار هکتاری» و « وجود دو بخش جداگانه زابل و سیستان» در محدوده پیشنهادی می‌داند و معتقد است قطعاً مشکلاتی را به دلیل مباحث مدیریتی، توسعه متوازن منطقه‌ای، بروز مشکل در امکان انتقال کالا و بروز زمینه قاچاق و رسوب کالا به سرزمین اصلی ایجاد خواهد کرد. مدیریت بر هر دو منطقه زابل و سیستان می‌تواند موجب بروز حساسیت‌های منطقه‌ای شده و مسائل قومی را دامن بزند. ازاین رو برای حل این مشکل ایجاد یک منطقه متصله و یا حذف یکی از این دو منطقه پیشنهاد می‌شود.
در ادامه این گزارش آمده است «در منطقه جداگانه سیستان، دو منطقه ویژه اقتصادی سیستان و شهر صنعتی رامشار واقع شده است. به نظر می‌رسد جهت جذب سرمایه گذار به این محدوده، قرار گرفتن همین دو منطقه در محدوده مناطق آزاد کفایت کرده و به محدوده 20 هزارهکتاری مطابق نقشه پیوست لایحه دولت که بخش عمده ای از آن اراضی بیابانی و بایر است،نیازی نیست.»
به اعتقاد مرکز پژوهش های مجلس مدیریت واحد برای منطقه پیشنهادی سیستان به دلیل منفصله بودن و ایجاد حساسیت های منطقه‌ای، مخاطره آمیز است که پیشنهاد می‌شود در صورت نیاز دو منطقه مستقل تشکیل گردد. همچنین محدوده منطقه آزاد سیستان کاهش یافته و منحصر به منطقه ویژه اقتصادی سیستان و شهرک صنعتی رامشار و اراضی حدفاصل شود. همچنین محدوده منطقه آزاد زابل را نیز می‌توان به فرودگاه و پسکرانه های آن و کریدور ارتباطی به مرز میلک منحصر کرد. بنابراین با توجه به موارد فوق بازنگری در شیوه ایجاد و مدیریت و نقشه های هر دو منطقه ضروری است.
به گزارش فارس، زیرساخت‌های موجود در منطقه آزاد پیشنهادی سیستان توسط شورای‌عالی مناطق آزاد، به کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی پیشنهاد شده که در جدول زیر، اشکالات مرکز پژوهش‌های مجلس به موقعیت این منطقه آمده است: