مساحت مناطق آزاد، طبق تعاریف نهادهای بین‌المللی زیر هزار هکتار و طبق نظر مرکز پژوهش‌های مجلس باید زیر 3هزار هکتار باشند این درحالی است که مساحت پیشنهادی برای منطقه آزاد جدید بوشهر از سوی دبیرخانه شورای‌عالی مناطق آزاد بیش از 26 هزار هکتار مطرح شده است.
طبق این گزارش، منطقه آزاد پیشنهادی بوشهر به دلیل برخورداری از «فرودگاه»،«بندر» و همچنین «دو منطقه ویژه اقتصادی با رویکرد تولیدی»، دارای مزیت‌های نسبی مناسبی برای ایجاد منطقه آزاد است البته باید به این نکته نیز اشاره کرد که محدوده پیشنهادی زیرساخت‌هایی نظیر پایانه و راه‌آهن ندارد.
براساس گزارش مرکز پژوهش‌ها، دو مشکل منطقه پیشنهادی بوشهر عبارتند از «اختصاص اراضی وسیع بابت ایجاد فرودگاه جدید» و «وجود ابهام در حجم سرمایه‌گذاری مورد نیاز و مسائل فنی مربوط به تداخل هوایی» که در نقشه پیشنهادی لایحه آمده است.
همچنین در گزارش این مرکز آمده است: «با توجه به همجواری مناطق مزارع پرورش میگو در محدوده منطقه پیشنهادی می‌توان از ظرفیت ایجاد صنایع تبدیلی به واسطه مزیت مناطق آزاد برای توسعه پرورش میگو استفاده کرد اما در نقشه مناطق پیشنهادی این مزارع دیده نشده است.»
مرکز پژوهش‌های مجلس پیشنهاد می‌دهد که می‌توان با بازنگری در نقشه منطقه آزاد بوشهر، اضافه‌کردن منطقه پرورش میگو و حذف فرودگاه جدید، نسبت به کاهش محدوده منطقه پیشنهادی اقدام کرد.
به گزارش فارس، زیرساخت‌های موجود در منطقه آزاد بوشهر توسط شورای‌عالی مناطق آزاد، به کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی پیشنهاد شده که در جدول زیر، اشکالات مرکز پژوهش‌های مجلس به موقعیت این منطقه آمده است: