تقاضای تحقیق و تفحص از عملکرد وزارت علوم در دوران تصدی محمد فرهادی، در این محورها ارائه شده بود؛ ۱. عدم توجه و اقدام در خصوص مشکلات دانشجویان بورسیه ۲. عزل و نصب‌های سیاسی در وزارت علوم و دانشگاهها ۳. نحوه جذب اعضای هیات علمی ۴. سیاسی‌کاری در حذف رشته‌های دانشگاه آزاد اسلامی ۵. عدم توجه به امور فرهنگی دانشگاهها و بی‌توجهی به سند اسلامی‌سازی دانشگاهها ۶. عملکرد مالی این وزارتخانه ۷. عدم تخصیص بودجه‌های پژوهشی و عملکرد سلیقه ای در طرح آمایش دانشگاهها و برخورد سیاسی با پیام نور.
نمایندگان متقاضی تحقیق و تفحص همچنین خواستار رفع ابهامات موجود درباره اعتبار مدرک تحصیلی رئیس‌جمهور با توجه به مقاله منتشره از سوی وی در سال ۲۰۰۲ میلادی شده بودند.
حجت‌الاسلام نصرالله پژمانفر نماینده مردم مشهد و کلات به نمایندگی از متقاضیان تحقیق و تفحص، درباره موضوع مدرک تحصیلی رئیس‌جمهور گفت: بخواهیم یا نخواهیم راجع به مدرک تحصیلی آقای رئیس‌جمهور و اینکه آیا از سایر منابع کپی‌برداری کرده یا خیر، سؤالاتی مطرح است و شکایاتی هم در برخی محاکم مطرح شده؛ اگر این موضوع را بررسی نکنیم، به معنی این است که بر این ابهام سرپوش گذاشته‌ایم. لذا همانطور که با مدرک تحصیلی مرحوم کردان در مجلس برخورد شد، باید با همان روش درباره مدرک رئیس‌جمهور نیز تحقیق و تفحص شود تا ابهامات برطرف شود.
در نهایت نظر کمیسیون آموزش و تحقیقات به رأی گذاشته شد که نمایندگان با ۱۲۲ رأی موافق، ۶۸ رأی مخالف و ۶ رأی ممتنع از مجموع ۲۲۸ نماینده حاضر در صحن، ضمن تائید نظر کمیسیون آموزش و تحقیقات، با تحقیق و تفحص از عملکرد وزارت علوم در دوره تصدی محمد فرهادی و نیز اعتبار مدرک تحصیلی حسن روحانی رئیس‌جمهور مخالفت کردند.