متن کامل پیام مقام معظم رهبری به شرح زیر است:
«بسم الله الرّحمن الرّحیم
با تاسف و تأثر خبر درگذشت عالِم متفکر حضرت حجتالاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ محیالدین حائری شیرازی رحمةالله علیه را دریافت کردم.
ایشان از جملهی عالمان دینی برجسته و موفقی بودند که عمر با برکت را یکسره در خدمت تربیت نفوس و تعالی بخشیدن به روح و دل و فکر و عمل مخاطبان خود قرار دادند.
چه پیش از انقلاب در شیراز و قم و چه پس از پیروزی انقلاب در جایگاه امامت جمعه و پایگاه های برجستهی دیگر، ذهن و اندیشهی فعال و کارآمد این روحانی با اخلاص و اهل معرفت و سلوک، همواره نقشی اثرگذار در ترویج معارف اسلامی و قرآنی و انقلابی داشته و به پرورش نفوس پرداخته است.
اینجانب فقدان تاثرانگیز این عالم ربانی را به بازماندگان مکرّم و شاگردان و ارادتمندان ایشان و به حوزهی علمیه و عموم مردم عزیز و روحانیون محترم استان فارس تسلیت عرض میکنم و علو درجات ایشان را از خداوند متعال مسألت مینمایم.
سید علی خامنهای
30 آذرماه 1396