اما قبل از اینکه در ۲۷ آذر موفق به ترور دکتر مفتح شوند، «حاج طرخانی» را به شهادت رساندند. شهید طرخانی بنیه مالی خوبی داشت و انسان خیّری بود و کمک‌های زیادی به انقلابیون می‌کرد. روزی یک طلبه روحانی نزد او می‌رود و برای تکثیر تعدادی جزوه از او کمک می‌خواهد. حاج طرخانی سوالاتی از او می‌پرسد که «کجا درس می‌خوانی؟ حوزه یا دانشگاه؟»، او هم در پاسخ می‌گوید: «حوزه موجب تحذیر ذهن جوان‌ها می‌شود و دانشگاه نیز دست‌ساز مستعمران غربی است و جوانان را از انقلاب و نهضت دور می‌کند»
شهید طرخانی وقتی پاسخ‌های این طلبه روحانی را نقل می‌کرد، دکتر مفتح می‌گفت این سخنان اصلا معقول و منطقی نیستند؛ اما نمی‌دانست صاحب این سخنان عجیب و غریب «اکبر گودرزی» است، فردی که رهبر ایدئولوژیک گروه فرقان بود و مستقیما در ترور «سپهبد شهید ولی‌الله قرنی» هم نقش داشت.
حاج طرخانی در ابتدا از آنها برای چاپ جزواتشان حمایت مالی می‌کرد اما پس از آنکه متوجه افکار التقاطی‌شان شد، کمک‌های خود را متوقف کرد و همین مساله باعث شد تا فرقانی‌ها حکم قتل او را صادر کنند و حاج طرخانی را در مقابل چشم دختر خردسالش به شهادت برسانند.
ملاقات «اکبر گودرزی» با دکتر مفتح در مسجد قبا
محمد صادق مفتح فرزند شهید مفتح ماجرایی را از ملاقات اکبر گودرزی با دکتر مفتح نقل می‌کند و می‌گوید: «یک شب پدرم در مسجد قبا نشسته بودند که یک فرد روحانی آمد و ریش تنکی داشت و این توجه مرا جلب کرد. قبل از وقت نماز بود. بعد از نماز وقتی خواستیم سوار ماشین بشویم و برویم، چون هیات ظاهری این فرد برایم جالب بود، از پدر پرسیدم او که بود؟ گفتند یک شیخی بود که می‌خواست در مسجد ما سخنرانی کند. از او پرسیده بودند در کجا درس خواندی؟ گفته بود در مشهد درس خوانده‌ام. بعد از چند سوال و جواب فهمیده بودند که طرف پرت و پلا پاسخ می‌دهد. او به پدرم گفته بود اجازه بدهید من بیایم اینجا و برای جوان‌ها کلاس اسلام‌شناسی بگذارم اما شهید مفتح نپذیرفته بودند. این فرد همان اکبر گودرزی گروه فرقان بود. گودرزی بعدا به مسجدی در قلهک رفت و آنجا فعالیت می‌کرد. آنها در سه مسجد قلهک، نارمک و جمهوری پایگاه داشتند و نهایتا ۴۰ تا ۵۰ نفر می‌شدند»
فرقانی‌ها پس از ممانعت دکتر مفتح از فعالیت‌هایشان در مسجد قبا، کینه به دل گرفتند و پس از پیروزی انقلاب او را در لیست ترور قرار دادند، با اینکه گودرزی علت ترور برخی شخصیت‌ها همچون شهید مطهری و مفتح را تحریف آثار دکتر شریعتی عنوان می‌کرد. او در بازجویی‌هایی که بعدا از وی بعمل آمد، دربیان علت به شهادت رساندن شهید مفتح می‌گفت: «وی(دکتر مفتح) متهم به داشتن رابطه با «مقدم» رئیس معدوم ساواک بود. این رابطه در نشریه‌ای مطرح شده بود که این نشریه به دست ما هم رسید. البته ما خودمان تحقیقی در این زمینه نکردیم و آن نشریه را هم نمی‌دانیم چه کسانی منتشر کرده بودند ولی این موضوع معروف شده بود»
ماجرای جلوگیری از پخش جزوات فرقان در مسجد قبا توسط آیت‌الله مفتح
اکبر گودرزی و حبیب‌الله آشوری و گروهشان، جزواتی از تفاسیر قرآن چاپ می‌کردند و نامشان را هم با رنگ قرمز روی آن می‌نوشتند و در بین نمازگزاران مسجد قبا پخش می‌کردند. شهید مفتح وقتی متوجه اقدام آنها شد، به اطرافیان گفت تا جلوی آنها را بگیرند و به جمعیت حاضر در مسجد هم اعلام کرد که این جزوات مورد تائید ما نیست. فرقانی‌ها هم بعد از اینکه دکتر مفتح مُهر عدم تائید بر جزواتشان زد، بطور مخفیانه اقدام به توزیع آنها در میان نمازگزاران مسجد قبا می‌کردند.
«حجت‌الاسلام هادی مروی» یکی از اطرافیان شهید مفتح درخصوص چگونگی حضور اعضای گروه فرقان در مسجد قبا، می‌گوید: «فرقانی‌ها با تابلو و عنوان گروه فرقان به مسجد قبا نمی‌آمدند. در میان سایر مردم بودند و کسی هم که تفتیش نمی کرد تا بفهمد هویت فردی که به مسجد می‌آید، چیست و کیست و از کجا آمده و طبعا همه نمی شناختند، ولی هم من و هم آقای مفتح انها را می‌شناختیم. هیات امنای مسجد و کسانی که بر سخنرانی‌ها و برنامه ریزی‌ها نظارت داشتند هم آنها را می شناختند. قبل از همه شهید مطهری در مورد حضور آنها در مسجد حساس بودند و دستورالعمل‌هایی هم می‌دادند که فساد حضور آنها به حداقل برسد»
روایتی از توصیه حفاظتی هاشمی رفسنجانی به شهید مفتح
دو نفر از کسانی که عملیات ترور دکتر مفتح را انجام دادند، هم محله‌ای شهید بودند و مطابق آنچه یکی از محافظین نقل می‌کند، یکی دو ماه مانده به شهادت شهید مفتح، برخی اطرافیان اکبر گودرزی در دانشکده الهیات پرسه می‌زدند اما به محض اینکه مورد شناسایی محافظ دکتر مفتح قرار می‌گیرند شروع به تیراندازی می‌کنند.
با افزایش تهدیدات نسبت به دکتر مفتح قرار بر این می‌شود تا به تعداد محافظین وی اضافه کنند اما او راضی نمی‌شود. حجت‌الاسلام محمدهادی مفتح فرزند شهید مفتح در همین ارتباط می‌گوید: «خاطرم هست یک شب گوشی را برداشتم و دیدم دختر بزرگ آقای هاشمی رفسنجانی است و دارد گریه می‌کند و می‌گوید پدرم را کشتند، ما اینجا امنیت نداریم. پاسدار بفرستید. تلفن قطع شد ولی دوباره زنگ زد. من گوشی را به خواهرم دادم. وقتی پدرم برای عیادت آقای هاشمی رفسنجانی به بیمارستان رفتند، وی گفته بود که قضیه حفاظت را جدی بگیرید، اما در مقابل حرف پدرم این بود که اگر قرارباشد انسان از دنیا برود، اگر در دژ هم باشد از دنیا می‌رود»
چگونگی به شهادت رسیدن آیت‌الله مفتح توسط «کمال یاسینی»
برخی اعضای گروهک فرقان پیش از ۲۷ آذر ۱۳۵۸ به دلیل رفت و آمدهای مخفیانه در دانشکده الهیات و مسجد قبا و زیر نظر گرفتن آیت‌الله مفتح، متوجه شده بودند که وی برخلاف سایر مقامات کشور با خود اسلحه‌ای حمل نمی‌کند. آنها با تکیه بر همین اطلاع می‌دانستند که اگر بتوانند محافظین را بزنند، شهید مفتح اسلحه‌ای برای دفاع از خود ندارد.
در روز ۲۷ آذرماه ۱۳۵۸، چهار نفر از اعضای گروهک فرقان مامور ترور دکتر مفتح می‌شوند. در میان این چهار نفر، یک نفر راننده و دو نفر مامور به شهادت رساندن محافظین بودند و «کمال یاسینی» هم ماموریت ترور شخص دکتر مفتح را برعهده می‌گیرد. در ماجرای عملیات ترور، دو تروریست در ورودی دانشکده الهیات به محافظین تیراندازی می‌کنند و در این میان دست، شانه و پای آیت‌الله مفتح هم مورد اصابت گلوله قرار می‌گیرد. وقتی دو تن از محافظین به شهادت می‌رسند، دکتر مفتح با بدنی آغشته به خون به سمت بالکن جلوی ساختمان دانشکده الهیات می‌رود و در این فاصله کمال یاسینی، از آنجایی که می‌دانست آیت‌الله مفتح اسلحه‌ای با خود بهمراه ندارد، خودش را به او می‌رساند و درحالی که دیگر برای دکتر مفتح راه گریزی باقی نمانده بود، ناجوانمردانه سر ایشان را هدف چندین گلوله قرار می‌دهد.
بررسی مواضع گروهک فرقان و اظهاراتی که قبل و بعد از به شهادت رساندن دکتر مفتح مطرح کردند و همچنین بازخوانی بازجویی‌های رهبران این گروهک و سخنانشان در دادگاه در بیان علت ترور آیت‌الله مفتح، حکایت از نوعی اغتشاشات ذهنی و پرت و پلا گویی توسط ایدئولوگ‌های این گروهک دارد؛ چراکه لیدر فرقان یعنی اکبر گودرزی، یکبار مخالفت با دیدگاه‌های دکتر شریعتی را بعنوان دلیل اصلی ترور شهید مفتح مطرح می‌کند و بار دیگر مدعی می‌شود که ارتباط با رئیس ساواک علت اصلی به شهادت رساندن ایشان بوده است.